Pierwsza „droga żelazna” dotarła do Kwidzyna w 1883 roku za sprawą otwarcia linii kolejowej Malbork-Grudziądz. Nowe połączenie komunikacyjne miało doniosłe znaczenie dla miasta i wpływ na tempo jego rozwoju.

Silny rozwój kolei, a zarazem nacisk na krótkie terminy realizacji odcisnął swoje piętno na technicznej stronie otwartej linii. Nie inaczej wyglądała budowa dworców. Zdecydowaną większość stanowiły pierwotnie tzw. dworce barakowe – mieszczące kasy, poczekalnie oraz zaplecze magazynowe. Podobnie było w Kwidzynie.

Zapewne od początku zakładano tymczasowość takiego rozwiązania, ponieważ wkrótce, przystąpiono do budowy murowanego dworca. Wciąż trudno dziś podać dokładną datę otwarcia nowego gmachu dworcowego. Najprawdopodobniej nastąpiło to w 1899 lub 1900 roku. Projekt gmachu pochodził z Ministerstwa Robót Publicznych w Berlinie, a projektantem był Paul Thoemer.

Dworzec kolejowy w Kwidzynie jest niezwykle reprezentacyjnym neogotyckim budynkiem z czerwonej cegły. Wzorowo wpisuje się zarówno w kwidzyńską linię budownictwa neogotyckiego, jak i całą rodzinę pruskiej narodowej architektury publicznej

Stacja kolejowa Kwidzyn to nie tylko dworzec dla pasażerów i perony. Na terenie stacji znajdowały się również inne obiekty niezbędne w tamtym czasie jak: lokomotywownia, wieża wodna, rampy kolejowe, bocznice. Główny gmach dworca w przeszłości był również częścią większego kompleksu budynków kolejowych biegnących wzdłuż ulicy Kościuszki.

Do stacji Kwidzyn dołączyła również w styczniu 1901 roku kolej wąskotorowa, której tor kończył się nieopodal budynku dworca, a linia – niewykorzystywana na potrzeby ruchu pasażerskiego – biegła do głównej stacji wąskotorówki – Marezy.